Gene Expression Omnibus

Vinculado al mundo del Open Government , compartir datos en formatos estándarizados que permitan su tratamiento y su reutilización en múltiples aplicaciones; un movimiento con cada vez más fuerza que pide a las Administraciones Públicas que pongan a disposición de la ciudadanía y las empresas los datos que recopilan gracias a los impuestos que recaudan. Uno de los sectores que siempre ha sido más reacio a compartir datos de manera abierta ha sido el de la investigación científica que, por norma general, publica sus resultados en revistas científicas cuyos artículos hay que pagar para poder consultarlos y, claro está, no tiene mucho sentido si la investigación se ha financiado con fondos públicos.

Gene Expression Omnibus (GEO) es un proyecto mantenido por el Centro Nacional para la Información Biotecnológica (Bethesda, Maryland) y el ArrayExpress, un repositorio de información genética creado por el Instituto Europeo de Bioinformática, que consiste en la creación de un repositorio centralizado con datos genéticos que pueda estar disponible a toda la comunidad científica.

¿Y el proyecto funciona? GEO está funcionando muy bien y, desde su apertura en el año 2002, atesora ya un millón de datasets procedentes de centros de investigación de todo el mundo. Esta reutilización de los datos es beneficiosa para todas las partes puesto que permite a los investigadores reducir costes, acortar los tiempos de sus proyectos e, incluso, ampliar el alcance de sus proyectos.

No podríamos trabajar con una gran variedad de tejidos de distintas especies con el presupuesto que tenemos para las investigaciones

Sin embargo, a pesar de todas estas ventajas, el uso intensivo de los datos aún es bajo y se suele utilizar más para comparar resultados que como base para nuevas investigaciones y, precisamente, ésa es una de las grandes barreras que está encontrando la reutilización de los datos dentro del ámbito científico. Para probar algoritmos que puedan detectar genes que sirvan para indicar que una persona puede desarrollar un cáncer de pulmón y que usan estos datasets como imput de su sistema.

Iniciativas como GEO redundan en la necesidad de optimizar los esfuerzos y evitar “pagar dos veces” por algo que de por sí es de carácter público: obtener los datos (investigar) y consultarlos.

Via: ncbi

Anuncios

Responder

Introduce tus datos o haz clic en un icono para iniciar sesión:

Logo de WordPress.com

Estás comentando usando tu cuenta de WordPress.com. Cerrar sesión / Cambiar )

Imagen de Twitter

Estás comentando usando tu cuenta de Twitter. Cerrar sesión / Cambiar )

Foto de Facebook

Estás comentando usando tu cuenta de Facebook. Cerrar sesión / Cambiar )

Google+ photo

Estás comentando usando tu cuenta de Google+. Cerrar sesión / Cambiar )

Conectando a %s